La vegetazione del Monte Subasio non è omogenea, ma varia in base al substrato, all’esposizione e all’altitudine. Dalle pendici fino a 550-600 metri si estende una fascia coltivata: ad olivo, da Assisi fino a Spello; a seminativi (cereali, girasoli, ortaggi) o erbai polifitici, nel versante opposto, da Costa di Trex ad Armenzano e San Giovanni.

Oltre il limite dell’olivo si estende una fascia boschiva discontinua. I versanti occidentali e meridionali, più caldi e soleggiati, sono dominati da boschi termofili di roverella (Quercus pubescens) e cerro (Quercus cerris), mentre quelli nord-orientali, più ombrosi, da boschi mesofili di cerro e carpino nero (Ostrya carpinifolia). Possiamo trovare anche aceri, ornielli, maggiociondoli, biancospini, cornioli, ginepri, sanguinelli e terebinti.

Nella zona del Sasso Rosso e dell’Eremo delle Carceri, è presente il leccio (Quercus ilex), affiancato da specie tipiche del clima mediterraneo quali il viburno, l’alaterno, il corbezzolo, lo stracciabraghe, I boschi di latifoglie sono intervallati da conifere (pini, abeti e cedri) utilizzate dal 1916 in diversi rimboschimenti.

Lungo i corsi d’acqua crescono inoltre boschi ripariali costituiti da salici, pioppi, olmi, sambuchi e robinie.

Nella zona sommitale si estendono praterie secondarie, spesso adibite a pascolo, formate prevalentemente da bromo, stellina purpurea, sonaglini, covetta dei prati e brachipodio. Qui si possono incontrare individui secolari di biancospino, affiancati da ginepri e rose selvatiche. Nel versante settentrionale e orientale, oltre i 1000 metri, è presente il faggio (Fagus sylvatica) in piccole formazioni note come Macchia di Pale e Macchione. Nel periodo primaverile ed estivo si possono ammirare in vetta splendide fioriture di narcisi, orchidee, fiordalisi, ranuncoli, crochi e viole.